神农部族炎帝姜榆罔（即炎帝），天生火灵之身，拥有随心所欲控制火焰和热量的能力；有熊部族黄帝姬轩辕，是剑仙广成子的门人，曾跟广成子一起畅游天下，学道练剑，实力非凡。两人皆具雄才大略，有一统大荒的雄心，在逐渐吞并周围的小部落，扩大势力之后，神农部族和有熊部族终于不可避免地开始正面冲突。两族实力相当，互相攻伐多次，都没有结果，于是两人不约而同向仙界众神求助。

适逢天帝为了苦思对付妖魔之策，闭关未理政事，素来不服天帝的火神祝融竟然违犯天帝不准参与凡间争斗的禁令，将自己的离火神兵借给了炎帝。而因共工之败，对祝融早有不满的雷神雨师也借此机会，采首山之铜，为黄帝铸就了天下第一神兵——轩辕剑，剑身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。剑柄一面书农耕畜养之术，一面书四海一统之策，乃是一统天下之用的王道之剑。

得到神兵的两人率领军队，在阪泉展开决战。炎黄二帝在九天之上，以神兵进行惊天动地的对决，最终王道之剑胜过了五金之精，离火神兵断为两截，散于人间，消失无踪。而炎帝军则大败，被黄帝赶到南方偏远的九黎之地，苟延残喘，姬轩辕成为了人间界中原大荒的统治者。

炎黄之战虽以黄帝之胜宣告结束，但带来的祸害却远未有人能够预料。离火神兵与轩辕剑的对，带来巨大能量冲击，不仅对人间界造成巨大损害，毁灭了地上无数人的家园，而且在西蜀之地，巴山之上劈开一个巨大裂口。被称为“万魔渊”的裂口因天地元气异变而成为连接妖魔界的通路。借由此处，妖魔不需要通过太古铜门就可以来往于人间妖魔两界，一时间，妖魔又大有蠢蠢欲动之势。黄帝之师广成子见万魔渊魔气冲天，不忍人间生灵涂炭，于是舍全身法力，将自己肉身和佩剑化为锁妖塔，沉入万魔渊中，封住了裂口。

万魔渊虽被广成子以牺牲自己的方式所封印，但因充斥其间的天地元气太过杂乱，仙界已无法将其修补。修炼出关的天帝对此结果大为震怒，将祝融打下人间界，经七世轮回，才可重回仙界，并下令关闭人间界与仙界的通路，严禁众仙神与人随意进行接触，从此人神完全隔绝。然而世间的之乱还并未走到终结之地。

迁居九黎的炎帝部族，逐渐和当地苗民融合，繁衍发展，并衍生出以火为尊的荒火教。荒火教起初只是作为一种信仰在苗民之间传播。但在蚩尤的带领**之下，修习武技术法，招揽高人异士，逐渐成为拥有强大力量的组织。蚩尤本是炎帝后裔，传说天生神力，武技高超，有万夫莫敌之能，他一直对炎帝之败耿耿于怀，认为黄帝胜得并非光明正大，神农部族应积蓄力量，再图中原。但炎帝已失去逐鹿大荒的雄心，并认为黄帝是天选中之人，不愿再兴起刀兵，给人间带来动荡。。

蚩尤屡次进言都被炎帝所拒，心生怨咎，怨气直冲到妖魔界，被魔帝所察觉。魔帝利用蚩尤心中怨咎，允诺给予蚩尤打倒黄帝的力量，诱使蚩尤堕入了魔道。魔化的蚩尤心中只有打倒黄帝，夺取大荒的执念，不顾一切。炎帝心系天下，于是游走四方，遍尝百草。一路上，众多受到炎帝救助的百姓组成冰心堂，一边研习神农医术，救治百姓，一边也在寻找解除幽都之气的方法。炎帝遍尝百草，身中剧毒，而蚩尤、刑天、雨师和风伯已经组织了妖魔军队，意图推翻炎帝，夺取大荒统治权。放逐炎帝，取得神农部族的统治权，率领荒火教众和神农部族军队，发动了对黄帝的战争。

黄帝救下被蚩尤放逐的炎帝，并和炎帝一起迎战蚩尤。但蚩尤军队不仅由剽悍善战的苗民组成，更有妖魔的存在，虽然万魔渊被封，法力高强的妖魔无法通过，但低级妖魔反倒可以来到人间，魔帝派遣五方八部妖魔众加入蚩尤的军队，帮助蚩尤作战。八部妖魔众使用邪法做起漫天大雾，黄帝军队目不能视物，在雾中方向难辩，战斗异常艰辛。五方妖魔众中的魑魅魍魉也是黄帝军队首次得见，魑魅人面兽身，有四足，会发出怪音，闻者浑身发软，无法动弹。魍魉黑里透红，样子像个小娃娃，也会发出怪音，闻者心智丧失，为魍魉所操纵。黄帝军队无法抵敌，大败而逃。

人间界不过数年又发生战乱，惊动了仙界，天帝察觉到魔帝阴谋，但因妖魔界并未大举进入人间，仙界也无法公然派遣仙神帮助黄帝作战。于是天帝传仙箓予黄帝，指示黄帝寻找人间奇人异士。黄帝依仙箓指引，在大荒西方的流沙国中寻到智者风后，又在凶犁之丘以三拜之礼请到将才应龙。得风后与应龙之助，黄帝重整军势，再和蚩尤作战。

风后采大荒极北出产黑色磁石，以之制成名为“指南车”的器具，指南车无论在任何地点，车头玄旗小人始终指向北方，黄帝军队使用指南车，在大雾中也能辨别方向，破去了八部妖魔众的邪术。风后又以牛羊之角为号进行吹奏，其声如同龙吟一般，送入众人耳中，令人精神振奋，魑魅魍魉邪音再无法奏效，五方妖魔众也被击退。同时，应龙也指挥军队，成功击退荒火教部众，蚩尤军节节败退。

不利军势令蚩尤大怒，心中魔性再度加强，而他的“魔识”也因此苏醒，原来蚩尤本身便是随混沌一起成形的上古妖魔，只不知什么原因流落到人间，转世为人。魔帝不知何故洞悉了这个秘密，于是诱使蚩尤堕入魔道，重新成为妖魔之身，在人间掀起大乱。魔识苏醒的蚩尤现出自己妖魔真身——巨大化的牛首人身怪，吞云吐雾，飞沙走石，并将跟随自己的荒火教部众全数妖魔化，大举屠戮黄帝军队，黄帝再次惨败。

上古妖魔出现在人间界令仙界无比震惊，天帝派遣九天玄女下凡，赠予神兵昆吾剑。黄帝手下有应龙、女魃两员大将。黄帝还得到了九天玄女传授的三卷天书和风后传授的八阵图，大将应龙用八阵图训练士兵，建立了天机营；女魃用三卷天书教授弟子，建立了云麓仙居。黄帝与蚩尤之战，本是人间界的争斗，但因蚩尤妖魔之身，实则是仙界与妖魔界借人间势力之战，因此又被称为神魔之战。

涿鹿一战，以苗人荒火教教众与黄帝部下的天机勇士死伤无数，血流成河，天为之悲，降大雨三日不止。战势万变，蚩尤、刑天驱异兽进逼黄帝大军，太虚弟子抵挡不住。万般无奈，诸弟子呼唤出邪影，瞬间逆转战局。没有想到的是，邪影失控，反噬主体，失去理智的太虚弟子无论敌我，见人就杀。临阵折杀了黄帝大将力牧。黄帝大为恼怒，遂将太虚功过相抵，而之后的历代帝王均畏惧太虚，始终不敢委以大任。

炎黄和蚩尤之战终以炎黄的胜利而终结，蚩尤被杀死，其魂魄被分散封印于大荒各地。雨师和风伯带领残余的妖魔部队逃入幽都。刑天被斩首后却屹立不到，还舞动着巨斧和盾牌进行抵抗。蚩尤身躯虽灭，一腔怨气却直冲天地之间，动摇锁妖塔根基，震开太古铜门黄土封印，整个天地为之动荡，其灵魂则连仙界也无法湮灭，只得将其镇.压在剑仙广成子佩剑玉清剑化成的锁妖塔底，更命剑仙传人—弈剑听雨阁众弟子好生防备，蚩尤的灵魂在锁妖塔底每日诅咒天地，等待复仇的时机。

神魔之战后，九黎苗众再不与中原往来相通，而参与此战的荒火教更是和天机营结下了不解的夙仇。不久黄帝应劫飞升而去，继任帝君治国无方，天下再陷动.乱之局，各部族势力纷起，纷争不休，皆想成为大荒人间界统治者。妖魔界魔帝和众妖，则试图冲破万魔渊和太古铜门，再度前往人间。